Sekolah Menengah Sains Muzaffar Syah dikenali sebagai MOZAC. Sejarah itu masih tidak diketahui sehingga kini. Khabar angin mengatakan bahawa pada tahun 1999 bilamana sekolah telah diiktiraf sebagai sekolah terbaik di Malaysia dalam SPM 1998,[5][6] Menteri Pendidikan, kemudian Perdana Menteri Malaysia, Dato Sri Haji Mohd Najib bin Abdul Razak, menaiki helikopter dan mendarat di padang sekolah hanya untuk mengumumkan berita tersebut. Disebabkan sekolah ini merupakan satu-satunya Sekolah Menengah Sains di Melaka, Jabatan Pendidikan negeri memohon sekolah ini untuk tidak menukar namanya. Walaupun nama sekolah ini tidak berubah, akronimnya kekal. Walau bagaimanapun di melakacool.com, bekas pelajar tahun 1995 Muzaffar Syah menafikan fakta tersebut. Beliau[nyatakan menurut siapa?] mendakwa bahawa nama MOZAC itu sudah ada lama sebelum tahun 1998. Malah sebelum keputusan SPM 1998 diumumkan, sekolah ini telah sentiasa dikenali sebagai MOZAC.